Специализираният финансов контрол към ЦКС, който се извършва на всеки тригодишен период на основание чл. 63 от Закона за кооперациите е външен и независим по отношение на проверяваните кооперативни организации, но той е част от общата система на контрол, който следва да се осъществява в кооперативната система.
За предотвратяване и намаляване на нанесените вреди в кооперативните организации, от особено важно значение е във всяка от тях да бъде изградена система за вътрешен, оперативен и текущ контрол, с цел превенция и недопускане на разхищаване, отклоняване и обсебване на кооперативни средства.
Трябва да се засили отговорността на органите на управление в кооперативните структури - председател и управителен съвет чрез приемане и въвеждане на правила за организацията и провеждането на вътрешен контрол. Организирането на вътрешен оперативен контрол и осъществяването му трябва да бъдат съобразени с всички законови изисквания и да бъдат елемент от вътрешните документи на кооперативната организация - счетоводната политика, изготвената наредба за документоборота и други.
Задълженията и отговорността на всеки служител следва да бъдат разписани подробно в длъжностните им характеристики, като това се отнася особено за работници и служители, изпълняващи отчетническа функция - материално-отговорни лица, касиери, снабдители и други. Така ще се изгради отговорност в целия персонал на организацията. Задълженията и отговорностите за всеки служител трябва да бъдат разписани и в колективните трудови договори или в изготвените правила за образуване и разпределение на работната заплата, като задължително се включват санкции при неизпълнение на поставените задачи.
Председателят на кооперативната организация ръководи кооперацията и отговаря за законосъобразното управление и разходване на материалните и финансови средства. Негова е отговорността да създаде система и правила за ежедневен контрол по опазване на активите от посегателства, кражби и злоупотреби, да оказва контрол върху цялата кооперативна структура с цел ефективно изпълнение на задълженията от всеки служител. Изключително негова е отговорността за предприемане на незабавни мерки при установени нарушения, като използва възможностите дадени му от Кодекса на труда, като работодател.
Във всяка кооперативна организация, като част от осъществявания вътрешен контрол, трябва да бъде изградена и подържана счетоводна система, която да е съобразена с всички изисквания на националното счетоводно законодателство. Формата на счетоводството се утвърждава от ръководителя на кооперативната организация. Изградената система на счетоводна отчетност трябва да осигурява в достатъчна степен надежден, последователен, текущ и последващ контрол още при изготвянето или постъпването на първичните счетоводни документи. Тя трябва да осигурява в достатъчна степен аналитична информация, да е съобразена със спецификата на всяка кооперативна организация и да гарантира вярно и честно представяне на имущественото и финансово състояние към отчетния период.
Главният счетоводител е този, който трябва да упражнява контрол и да следи за хронологичното и правилно отразяване на стопанските процеси. Важно е всеки първичен документ да бъде съставен и да съдържа всички реквизити съгласно изискванията на Закона за счетоводството, за да има доказателствена сила. В практиката има случаи, при които не може да се състави акт за начет за търсене на пълна имуществена отговорност от виновни длъжностни лица, поради неподписани или неправилно съставени първични счетоводни документи.
Важна част от системата на вътрешния контрол, следва да бъде контрола върху дейността на материално-отговорните лица, като се обърне особено внимание при приемането, съхранението и отчитането на стоково-материалните ценности и паричните средства.
Инвентаризацията е важна част от вътрешния контрол и е един от способите на счетоводната отчетност, която допълва документирането. Изразява се в конкретна проверка чрез преброяване, претегляне и измерване на материалните активи на кооперативната организация. Чрез инвентаризацията се установяват онези изменения, които не могат да се обхванат чрез документиране и са настъпили в следствие на различни действия - от човешки грешки, климатични условия, технически грешки и други. Задължително при изготвяне на годишния финансов отчет следва да се извърши и инвентаризация на разчетите, чрез писмено потвърждение от контрагентите.
Съгласно чл. 22 от Закона за счетоводството инвентаризация на активите и пасивите се извършва веднъж годишно, с цел достоверното им представяне в годишните счетоводни отчети. Реда и начина за извършване на инвентаризациите, се определя от ръководителя на кооперативната организация и трябва да е оповестено в счетоводната политика. Посоченият в закона за счетоводството брой инвентаризации е минимален. Препоръчително е да се извършват инвентаризации на търговските обекти на по-кратки срокове, с цел да не се допускат липси в големи размери, които в последствие са трудно събираеми.
При организацията и осъществяването на вътрешния контрол особено активни трябва да бъдат членовете на контролните съвети - да осъществяват контрол по отношение разпореждането с кооперативна собственост, събиране на вземанията, своевременно разплащане на задълженията, по резултатите от стопанските дейности и всички въпроси, касаещи финансовото и имуществено състояние на кооперативната организация. Контролните съвети трябва да имат изготвен годишен план за проверките, които ще извършват. При констатирани нарушения, незабавно следва да бъде информиран председателя и управителния съвет на кооперативната организация за предприемане на мерки.
Органите на управление на всяка кооперативна структура трябва да знаят, че вътрешният, оперативен и ежедневен контрол е основен фактор за отстраняване на причините и ограничаване на възможностите за злоупотреби, обсебвания, разхищения и неефективно използване на финансовите и материални активи.
